Per la sua ricchezza (221 specie) e la sua struttura, la fauna dell'area intorno al fiume Krka è una delle riserve ornitologiche più importanti della Croazia e si colloca tra le aree ornitologiche più preziose d'Europa. I canyon di Krka e Čikola ospitano molte specie rare e in via di estinzione di uccelli tra cui l'aquila reale, i falchi, i gufi, le rondini e gli uccelli delle zone umide come anatre e oche selvatiche. Nella parte d'acqua dolce del Krka ci sono 17 specie di pesci, di cui sette endemici. Una delle quattro specie di trota che abita solo nelle acque di Krka è chiamata "Salmothymus obtusirostris krkensis".
Tra gli anfibi in questa zona sono comuni i tritoni, la rana rossa e verde Gubavica, mentre tra i rettili spiccano la grande lucertola, la lucertola di serpente, la tartaruga e i serpenti di tartaruga di cui il più noto è la vipera (Vipera ammodytes). La fauna mammifera della regione comprende la faina, il tasso, lo sciacallo e il lupo.
La vegetazione è costituita da circa 800 specie vegetali, tra cui diverse specie endemiche illirico-adriatiche.
Quercia, agrifoglio e lentisco, carpino, frassino e acero sono comuni nelle foreste. La vegetazione inferiore è costituita da arbusti della famiglia di erica, ginepro, rovi e simili. Nelle praterie rocciose Bee Orchid - in via di estinzione e rigorosamente protetta - è ancora visibile. Parliamo di due specie vegetali forse più conosciute che prosperano in quest'area: il fico e l'olivo.
